OMS: le soglie di ciclo elevato sui test PCR si traducono in un “elevato rischio” di falsi positivi

Ne avevamo parlato qui su questo blog pochi giorni fa in “La vecchia questione dell’imprecisione del test PCR”, ma colgo l’occasione della ripresa del tema da parte del giornalista e fotoreporter Giorgio Bianchi sulla sua pagina FB, per rilanciare ancora la problematica della poca accuratezza del test PCR:

“Il vaccino è un miracolo”, ha detto Mike Pence vice presidente Usa.

Nel momento in cui si inizia a dare il via alle campagne di vaccinazione di massa, all’improvviso all’Organizzazione Mondiale della Sanità si svegliano e pubblicano un promemoria avvertendo che le soglie di ciclo elevato sui test PCR si traducono in un “elevato rischio” di falsi positivi.

Se abbasseranno il numero di cicli ridurranno il rischio di erronea interpretazione del test per via del “rumore di fondo” e di conseguenza abbatteranno le statistiche dei contagi.
In un modo o in altro il vaccino ha fatto il “miracolo”.

Quando il tasso di positività per SAR*** diminuisce, diminuisce anche il valore predittivo [del test]. Ciò significa che la probabilità che una persona che ha un risultato positivo (SAR*** rilevato) sia veramente infettata da SAR*** diminuisce al diminuire del tasso di positività, indipendentemente dalla specificità del dosaggio. Pertanto, gli operatori sanitari sono incoraggiati a prendere in considerazione i risultati dei test insieme a segni e sintomi clinici, conferma di eventuali contatti, ecc.

Gli utilizzatori di reagenti RT-PCR devono leggere attentamente le istruzioni per l’uso (IFU) per determinare se la regolazione manuale della soglia di positività della PCR è necessaria per tenere conto del rumore di fondo che può portare ad un campione con un risultato del valore di soglia del ciclo elevato (Ct) interpretato come positivo. Il principio di progettazione della RT-PCR fa sì che per i pazienti con alti livelli di virus circolante (carica virale) saranno necessari relativamente pochi cicli per rilevare il virus e quindi il valore Ct sarà basso.

Al contrario, quando i campioni restituiscono un valore Ct elevato, significa che sono stati necessari molti cicli per rilevare il virus. In alcune circostanze, la distinzione tra rumore di fondo e presenza effettiva del virus bersaglio è difficile da accertare. Pertanto, le IFU indicheranno come interpretare i campioni pari o prossimi al limite di positività della PCR. In alcuni casi, le IFU indicheranno che il cut-off deve essere regolato manualmente per garantire che i campioni con valori Ct elevati non vengano attribuiti in modo errato al SAR*** rilevato a causa del rumore di fondo.
https://www.who.int/…/14-12-2020-who-information-notice…

In pratica la PCR funziona prendendo i nucleotidi – minuscoli frammenti di DNA o RNA – e moltiplicandoli finché non diventano qualcosa di abbastanza significativo da poter essere identificato.
La replicazione viene eseguita in cicli, con ogni ciclo che raddoppia la quantità di materiale genetico. Il numero di cicli necessari per produrre qualcosa di identificabile è noto come “soglia del ciclo” o “valore CT”. Più alto è il valore CT, più bassa è la probalità che il campione sia significativo.

Il virologo Giorgio Palù, oggi a capo dell’AIFA, aveva da tempo messo in guardia riguardo a questo rischio.

Palù: “Il problema dei falsi positivi è reale”

La Verità ha quindi chiesto al professor Giorgio Palù di chiarire la situazione: “Esiste questa possibilità, come pure quella che si stia amplificando solo un frammento di un Rna che è in degradazione e non rappresenta una particella virale infettante”. Il problema principale, come sostenuto dal virologo, è che la Pcr, ovvero la reazione a catena della polimerasi che l’Oms ha raccomandato come metodo per il test diagnostico molecolare, non ha avuto una validazione ai massimi livelli. Nessuna validazione con il gold standard, quello che è ritenuto il metodo più affidabile. “La Pcr è stata infatti realizzata da Victor Max Corman e sulla base delle sequenze genomiche di Sars-Cov-2 pubblicate dai cinesi, e applicata a estratti di acidi nucleici ottenuti da tamponi e campioni clinici. Non su un virus purificato al 100%”.

Palù ha anche precisato che, visto che il coronavirus non è un’entità nosologica specifica, dato che le manifestazioni cliniche della malattia sono molto simili a quelle provocate da molti virus respiratori, e dato che il virus è coltivabile solo in laboratori attrezzati, questa tecnica è stata assunta a unico riferimento. Tra l’altro, sono molti i test molecolari che non sono validati a livello europeo o dall’Fda, o non indicano quali geni vengono amplificati. A questo punto è dunque reale il problema dei falsi positivi. “Anche perché il valore predittivo positivo (Ppv) di un test Pcr è tanto minore quanto più bassa è la prevalenza dell’infezione” ha spiegato il virologo. Inoltre, Palù ha precisato che il test molecolare con metodo Prc, come era stato segnalato anche da chi lo scoprì, il premio Nobel per la chimica Kary Mullis, può sicuramente dare risultati falsamente positivi quanti più cicli di amplificazione vengono effettuati.

https://www.ilgiornale.it/…/pal-cos-contiamo-troppi…

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